Os benefícios fiscais dos seguros de saúde são revistos anualmente e os limites das deduções poderão variar de acordo com as decisões tomadas em cada Orçamento de Estado. Antes de contratualizar a apólice de seguro, deverá obter informações actualizadas sobre os benefícios fiscais a aplicar durante o exercício fiscal em questão.

Esta dedução acontece ao abrigo do n.º 3 do artigo 86º do Código de IRS, que prevê a dedução dos prémios de seguros que cubram exclusivamente riscos de saúde. Por outras palavras, qualquer prémio pago pela contratualização de um seguro de saúde poderá ser deduzido à colecta, em sede de IRS, até ao montante de 30% do valor anual. Esta percentagem está sujeita aos limites máximos previamente fixados pelo Ministério das Finanças e varia de acordo com os diferentes escalões. No entanto, as deduções serão aplicadas a cada sujeito passivo e seus dependentes.

Para além dos prémios, as franquias pagas pelo tomador do seguro no âmbito dos actos clínico-hospitalares também poderão ser deduzidas, para os contribuintes e dependentes, no valor máximo de 30% das despesas sem que normalmente haja um valor máximo fiscalmente eficiente, ou seja, um valor máximo de dedução. Significa que, se ao longo do ano, o tomador do seguro tiver gasto 1000 euros no pagamento de franquias ou comparticipações, poderá deduzir 300 euros.